上传数据到NCBI

1. 进入上传网址: https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/
2. 选择上传的数据库

• Sequence Read Archive (SRA): 上传测序数据
• GEO: 转录组或表观组数据(上传表达矩阵和测序数据)

3. 填写项目和样本信息
4. 上传数据

• 通过FileZilla: https://filezilla-project.org/download.php?type=client

下载NCBI测序数据

1. 直接通过fastq-dump --split-3 --gzip SRR6748810可以获取到下载并拆分好的测序数据

• 不需要通过prefetch先得到sra文件
• fastq-dump属于sratoolkit的一个功能(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit)
• –split-3: 针对双端测序的文件
• –gzip: 输出文件为压缩格式